Koninklijke Doeksen, opgericht in 1908, hield zich eerst bezig met bergingswerkzaamheden en schelpenzuigen voor de Nederlandse kust, voor het zich uitbereide naar activiteiten in noordwest Europa.
In 1923 zorgde het groeiende succes voor het verwerven van de Terschelling Stoomboot Maatschappij (Terschelling Steamboat Company), in die tijd nog een redelijk klein en langzaam opererende veerdienst tussen Harlingen en de Waddeneilanden.
Over de jaren heeft het bedrijf dat nu bekend staat als Rederij Doeksen geïnvesteerd om zo de snelheid, comfort, regelmaat en betrouwbaarheid van de passagier- , auto- en vrachtvervoer naar Terschelling en Vlieland te verbeteren.
In 2010 heeft Koninklijke Doeksen haar activiteiten verbreed naar woon-werkverkeer in de regio Rotterdam en vanaf 2014 ook in het bouwen van superjachten. Daar is in 2021 ook een ontwerp- en ingenieursbureau aan toegevoegd.
Het bedrijf blijft een familiebedrijf en is nu in de vierde generatie van de Doeksen familie. Het heeft de Koninklijke titel gekregen bij het 100 jarig bestaan in 2008.